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SeekOneDD平台 转录组示例数据

数据集二:

 

样品来源: 健康人PBMC样品
 

实验方法:使用SeekOne DD 单细胞3' 转录组试剂盒,按照说明书的要求在 SeekOne Digital Droplet System 数字液滴仪上完成单细胞分离、核酸标记、捕获等程序,所生成的高通量单细胞转录组文库使用Illunima NovaSeq 6000平台进行测序。

数据分析:使用Bcl2fastq将下机原始数据转换成fastq格式文件,并使用fastp质量过滤软件过滤掉低质量的测序数据。过滤后的测序结果使用SeekOne Tools工具进行单细胞数据分析,并生成单细胞文库质控结果、表达矩阵以及比对结果等中间文件。


数据下载:

分析报告
表达矩阵:matrix
表达矩阵:RDS

数据集三:

 

样品来源:小鼠新鲜脑组织解离样本

实验方法:使用SeekOne DD单细胞3' 转录组试剂盒,按照说明书的要求在 SeekOne Digital Droplet System 数字液滴仪上完成单细胞的分离、核酸标记、捕获等程序,所生成的高通量单细胞转录组文库使用Illunima NovaSeq 6000平台进行测序。
数据分析: 使用Bcl2fastq将下机原始数据转换成fastq格式文件,并使用fastp质量过滤软件过滤掉低质量的测序数据。过滤后的测序结果使用SeekOne
Tools工具进行单细胞数据分析,并生成单细胞文库质控结果、表达矩阵以及比对结果等中间文件。

数据下载:

原始数据

(原始数据较大,下载可能需要较长时间)

(原始数据较大,下载可能需要较长时间)

表达矩阵:RDS
分析报告
原始数据
表达矩阵:matrix

数据集四:

 

样品来源: 健康人PBMC样品
实验方法:使用SeekOne
DD 单细胞全序列 转录组建库试剂盒,按照说明书的要求在 SeekOneDigital Droplet System 数字液滴仪上完成单细胞分离、核酸标记、捕获等程序,所生成的高通量单细胞转录组文库使用Illunima NovaSeq 6000平台进行测序。
数据分析:使用Bcl2fastq将下机原始数据转换成fastq格式文件,并使用fastp质量过滤软件过滤掉低质量的测序数据。过滤后的测序结果使用SeekSoul
Tools工具进行单细胞数据分析,并生成单细胞文库质控结果、表达矩阵以及比对结果等中间文件。

 

数据下载:

(原始数据较大,下载可能需要较长时间)

分析报告
表达矩阵:RDS
原始数据
表达矩阵:matrix
SeekSoul®Tools分析软件

分析软件

(原始数据较大,下载可能需要较长时间)

分析报告
表达矩阵:RDS
原始数据

数据集五:

 

样品来源: 细胞系A549:KRAS G12S;HCC827 EGFR 19del和K562: BCR-ABL1 fusion按照1:1:1混合
实验方法:使用SeekOne
DD 单细胞全序列 转录组建库试剂盒,按照说明书的要求在 SeekOneDigital Droplet System 数字液滴仪上完成单细胞分离、核酸标记、捕获等程序,所生成的高通量单细胞转录组文库使用Illunima NovaSeq 6000平台进行测序。
数据分析:使用Bcl2fastq将下机原始数据转换成fastq格式文件,并使用fastp质量过滤软件过滤掉低质量的测序数据。过滤后的测序结果使用SeekSoulTools工具进行单细胞数据分析,并生成单细胞文库质控结果、表达矩阵以及比对结果等中间文件。

 

数据下载:

表达矩阵:matrix
panel原始数据

数据集一:

 

样品来源: 小鼠脑

 

实验方法:使用SeekSpaceTM单细胞空间转录组试剂盒,通过对样本切片、固定、空间标签标记、提核后,在SeekOne®Digital Droplet System 数字液滴仪上完成单细胞分离、核酸标记、捕获等程序,所生成的高通量单细胞转录组文库和空间文库使用llunima NovaSeq 6000或真迈平台进行测序,利用共有barcode标签将单细胞表达信息与空间位置信息一一对应。


数据下载:

示例数据
数据分析