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SeekOneDD平台 转录组示例数据

数据集四—SeekOne DD单细胞3' 转录组：

样品来源： 健康人PBMC样品
 

实验方法：使用SeekOne® DD 单细胞3' 转录组试剂盒，按照说明书的要求在 SeekOne® Digital Droplet System 数字液滴仪上完成单细胞分离、核酸标记、捕获等程序，所生成的高通量单细胞转录组文库使用Illumina NovaSeq 6000平台进行测序。

数据分析：使用Bcl2fastq将下机原始数据转换成fastq格式文件，并使用fastp质量过滤软件过滤掉低质量的测序数据。过滤后的测序结果使用SeekOne® Tools工具进行单细胞数据分析，并生成单细胞文库质控结果、表达矩阵以及比对结果等中间文件。

数据下载：

数据集五—SeekOne DD单细胞3' 转录组：

样品来源：小鼠新鲜脑组织解离样本

实验方法：使用SeekOne® DD单细胞3' 转录组试剂盒，按照说明书的要求在 SeekOne® Digital Droplet System 数字液滴仪上完成单细胞的分离、核酸标记、捕获等程序，所生成的高通量单细胞转录组文库使用Illumina NovaSeq 6000平台进行测序。
数据分析： 使用Bcl2fastq将下机原始数据转换成fastq格式文件，并使用fastp质量过滤软件过滤掉低质量的测序数据。过滤后的测序结果使用SeekOne® Tools工具进行单细胞数据分析，并生成单细胞文库质控结果、表达矩阵以及比对结果等中间文件。

数据下载：

（原始数据较大，下载可能需要较长时间）

（原始数据较大，下载可能需要较长时间）

数据集六—SeekOne DD单细胞全序列转录组：

样品来源： 健康人PBMC样品，input细胞量为5000。
实验方法：使用SeekOne® DD 单细胞全序列 转录组建库试剂盒，按照说明书的要求在 SeekOne® Digital Droplet System 数字液滴仪上完成单细胞分离、核酸标记、捕获等程序，所生成的高通量单细胞转录组文库使用Illumina NovaSeq 6000平台进行测序。
数据分析：使用Bcl2fastq将下机原始数据转换成fastq格式文件，并使用fastp质量过滤软件过滤掉低质量的测序数据。过滤后的测序结果使用SeekSoul Tools工具进行单细胞数据分析，并生成单细胞文库质控结果、表达矩阵以及比对结果等中间文件。

数据下载：

（原始数据较大，下载可能需要较长时间）

分析软件

（原始数据较大，下载可能需要较长时间）

数据集七—SeekOne DD单细胞全序列转录组：

样品来源： 细胞系A549：KRAS G12S；HCC827 EGFR 19del和K562: BCR-ABL1 fusion按照1:1:1混合
实验方法：使用SeekOne® DD 单细胞全序列 转录组建库试剂盒，按照说明书的要求在 SeekOne® Digital Droplet System 数字液滴仪上完成单细胞分离、核酸标记、捕获等程序，所生成的高通量单细胞转录组文库使用Illumina NovaSeq 6000平台进行测序。
数据分析：使用Bcl2fastq将下机原始数据转换成fastq格式文件，并使用fastp质量过滤软件过滤掉低质量的测序数据。过滤后的测序结果使用SeekSoul Tools工具进行单细胞数据分析，并生成单细胞文库质控结果、表达矩阵以及比对结果等中间文件。

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数据集三—SeekSpace 单细胞空间转录组：

样品来源：人肺癌样品

实验方法：采用SeekSpace®单细胞空间转录组试剂盒，按照操作说明书将组织切片贴到具有可断裂位置标签探针的空间芯片上。随后，对细胞核进行空间位置标签标记，并对切片进行固定处理，制备细胞核悬液。进一步使用分组标签对细胞核悬液进行初步逆转录，以此实现mRNA与空间位置标签的分组标记。接着，在SeekOne® Digital Droplet System数字液滴仪上，通过液滴标签与分组标签的结合，完成了空间位置标签与转录组的超高通量单细胞共标记。最后，进行解交联、二次逆转录、转录组文库和空间位置标签文库构建等步骤。构建的高通量单细胞转录组文库和空间位置标签文库随后在Illumina NovaSeq 6000平台上进行测序，使用软件SeekSpace® Tools及云平台SeekSoul Online进行数据分析。

数据分析：空间数据使用SeekSpace® Tools进行分析，输入文件包含表达文库原始数据，空间文库原始数据，空间芯片原始数据，DAPI染色以及HE图片。使用Bcl2fastq将下机原始数据转换成fastq格式文件，并使用fastp质量过滤软件过滤掉低质量的测序数据。过滤后的测序结果使用SeekSpace® Tools工具进行数据分析，并生成空间文库质控结果、表达矩阵（其中包含细胞的空间定位矩阵）。可以根据分析方法示例，在以下结果文件的基础上，进行下游分析及数据的可视化。

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数据集八—SeekOne DD FFPE单细胞转录组：

样品来源： 2013年1月包埋的肺癌脑转移石蜡样本

实验方法：使用SeekOne® DD FFPE样本单细胞转录组试剂盒，按照说明书要求完成体外RT、油包水连接、解交联&二次RT以及文库构建等流程，所生成的高通量单细胞转录组文库使用Illumina测序平台进行测序。

数据分析：使用Bcl2fastq将下机原始数据转换成fastq格式文件，并使用fastp质量过滤软件过滤掉低质量的测序数据。过滤后的测序结果使用SeekSoul Tools工具进行单细胞数据分析，并生成单细胞文库质控结果、表达矩阵以及比对结果等中间文件。

数据下载：

（原始数据较大，下载可能需要较长时间）

数据集二—SeekSpace 单细胞空间转录组：

样品来源：小鼠脑样品

实验方法：采用SeekSpace®单细胞空间转录组试剂盒，按照操作说明书将组织切片贴到具有可断裂位置标签探针的空间芯片上。随后，对细胞核进行空间位置标签标记，并对切片进行固定处理，制备细胞核悬液。进一步使用分组标签对细胞核悬液进行初步逆转录，以此实现mRNA与空间位置标签的分组标记。接着，在SeekOne® Digital Droplet System数字液滴仪上，通过液滴标签与分组标签的结合，完成了空间位置标签与转录组的超高通量单细胞共标记。最后，进行解交联、二次逆转录、转录组文库和空间位置标签文库构建等步骤。构建的高通量单细胞转录组文库和空间位置标签文库随后在Illumina NovaSeq 6000平台上进行测序，使用软件SeekSpace® Tools及云平台SeekSoul Online进行数据分析。 该样品使用的空间编号为：2P231224030A4。

数据分析：空间数据使用SeekSpace® Tools进行分析，输入文件包含表达文库原始数据，空间文库原始数据，空间芯片原始数据，DAPI染色以及HE图片。使用Bcl2fastq将下机原始数据转换成fastq格式文件，并使用fastp质量过滤软件过滤掉低质量的测序数据。过滤后的测序结果使用SeekSpace® Tools工具进行数据分析，并生成空间文库质控结果、表达矩阵（其中包含细胞的空间定位矩阵）。以下表达矩阵结果，在SeekSpace® Tools结果上进行了过滤，去掉了线粒体含量异常高的群中的细胞。可以根据分析方法示例，在以下结果文件的基础上，进行下游分析及数据的可视化。

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数据集一—SeekOne  DD ATAC+RNA多组学：

实验方法：使用SeekOne® DD ATAC+RNA多组学试剂盒，按照说明书要求完成提核、Tn5处理、捕获标记同一细胞可及区序列和RNA序列、建库等流程流程，生成的ATAC和RNA两份文库使用Illumina测序平台进行测序。

数据分析：使用Bcl2fastq将下机原始数据转换成fastq格式文件，并使用fastp质量过滤软件过滤掉低质量的测序数据。过滤后的测序结果使用snapATAC2工具进行数据质控分析，并生成文库质控结果、表达矩阵以及比对结果等中间文件。

样品来源一：小鼠脑组织-1（WTSH814）; input细胞量为8000，ATAC测序数据量80G,RNA测序数据量140G。

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（原始数据较大，下载可能需要较长时间）

样品来源二：小鼠新鲜皮肤组织-1（WTSH829），input细胞量为5000，ATAC测序数据量20G,RNA测序数据量10G。

数据下载：

（原始数据较大，下载可能需要较长时间）

样品来源二：小鼠新鲜皮肤组织-2（WTSH830），input细胞量为5000，ATAC测序数据量130G,RNA测序数据量125G。

数据下载：

（原始数据较大，下载可能需要较长时间）

样品来源三：小鼠新鲜肠组织-1（WTSH824），input细胞量为5000，ATAC测序数据量130G,RNA测序数据量135G。

数据下载：

（原始数据较大，下载可能需要较长时间）

样品来源三：小鼠新鲜肠组织-2（WTSH831），input细胞量为5000，ATAC测序数据量40G,RNA测序数据量16G。

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（原始数据较大，下载可能需要较长时间）

样品来源四：小鼠冻存睾丸细胞悬液-（WTSH820），复苏后细胞活性95%，input细胞量为5000，ATAC测序数据量50G,RNA测序数据量55G。

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（原始数据较大，下载可能需要较长时间）

样品来源七：人冻存PBMC （WTSH810），input细胞量为5000，ATAC测序数据量130G,RNA测序数据量60G。

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（原始数据较大，下载可能需要较长时间）

样品来源一：小鼠脑组织-2（WTSH812）; input细胞量为5000，ATAC测序数据量51G,RNA测序数据量37G。

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样品来源一：小鼠脑组织-3（WTHT007）；input细胞量为5000，ATAC测序数据量7G,RNA测序数据量15G。

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样品来源一：小鼠脑组织-4（WTHT008）；input细胞量为5000，ATAC测序数据量6G,RNA测序数据量19G。

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样品来源一：小鼠OCT脑组织-5（WTSH844）；input细胞量为5000，ATAC测序数据量9G,RNA测序数据量11G.
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样品来源五：小鼠心脏-2（WTHT024），input细胞量为5000，ATAC测序数据量8G,RNA测序数据量19G。

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样品来源六：小鼠肾脏-1（WTHT025），input细胞量为5000，ATAC测序数据量18G,RNA测序数据量22G。

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样品来源六：小鼠肾脏-2（WTHT029），input细胞量为2000，ATAC测序数据量13G,RNA测序数据量20G。

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样品来源七：人冻存PBMC （WTSH811），input细胞量为5000，ATAC测序数据量6G,RNA测序数据量16G。

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样品来源八：人冻存肾癌 （WTSH822），input细胞量为5000，ATAC测序数据量38G,RNA测序数据量50G。

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