SeekOne DD单细胞免疫组库应用案例备份

SeekOne DD单细胞免疫组库应用案例

• 发表时间：2020.09.18
• 发表期刊：Science Immunology
• 影响因子：13.442
• 研究背景：T细胞为中枢神经系统(CNS)提供重要的免疫监视，而脑脊液(CSF)是T细胞进入中枢神经系统的主要途径。进一步研究健康人脑脊液中T细胞的状态，对于理解T细胞如何在不损害中枢神经系统脆弱环境的情况下提供保护性免疫监视，以及为理解神经炎症疾病中的免疫功能障碍提供组织特异性背景非常重要。
• 研究目的：定义健康个体脑脊液（CSF）的T细胞监测状态，并与新诊断(腰椎穿刺12个月内诊断)复发缓解的多发硬化症患者的CSF T细胞状态进行比较。
• 样本选择：6例健康供体的外周血、脑脊液；5例多发硬化症患者脑脊液。
• 研究方法及结果：使用scRNA-seq、单细胞TCR测序和snRNA-seq来描述健康脑脊液、炎症脑脊液和非炎症脑的T细胞表型。①在没有炎症的情况下，CSF主要以T细胞为特征，包括克隆扩增的T细胞，主要由四种T细胞亚型构成。②CSF中的四种T细胞亚型中有三种具有其他非淋巴组织中的T细胞所具有的特征，并且在这三个亚群中都存在T细胞克隆扩增。
• 技术路线：

•研究结论：从多发性硬化症患者CSF中获得的克隆扩增T细胞具有与T细胞活化和细胞毒性相关的基因的高表达。

案例二：人类胸腺发育细胞图谱定义了TCR的形成

发表时间：2020.02.21
发表期刊：Science
影响因子：47.724
研究背景：胸腺是T细胞发育和T细胞受体（TCR）库形成的关键器官，对适应性免疫的形成至关重要。T细胞的发育与胸腺微环境中各种细胞类型的相互协调密不可分。虽然科学家已经使用多种动物模型对胸腺进行了广泛的研究，但如果没有详细的人类胸腺图谱，就无法理解人类免疫力的真实情况。
研究目的：绘制人类生命过程中的胸腺细胞图谱。
样本选择：胚胎发育、童年和成年期间的人类胸腺样本。
研究方法及结果：研究者共获得超过25万个单细胞样本，从发育中的胸腺获得138,397个细胞，从出生后的胸腺中获得117,504个细胞。通过进行scRNA-seq，研究团队在人胸腺中鉴定出50多种不同的细胞状态。通过scTCR-seq，比较不同细胞的TCR库，分析不同类型的细胞之间是否存在TCR库的差异。同时，研究者还计算预测了人类T细胞发育的轨迹，包括从胎儿肝脏的早期造血祖细胞分化为多种成熟的T细胞类型，并利用该轨迹构建了驱动T细胞发育分化的假定转录因子机制。
技术路线：

研究结论：提供了人类整个生命周期胸腺综合图谱，并对人类T细胞发育提供了新的见解。

案例三：单细胞分辨下鼻咽癌的肿瘤异质性和细胞间网络

发表时间：2021.02.02
发表期刊：Nature Communications
影响因子：12.121
研究背景：肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)的高密度与鼻咽癌（NPC）患者良好的生存预后相关。NPC的肿瘤微环境中不同细胞群的组成尚不清楚。前期研究利用单细胞分析证明了NPC肿瘤中存在具有不同功能状态的T细胞和不同的免疫细胞。
研究目的：研究鼻咽癌(NPC)的肿瘤微环境(TME)的异质性。
样本选择：10例未接受治疗的EBV+NPC患者及其配对的PBMC
研究方法及结果：本研究使用单细胞转录组和TCR测序，分析了10个NPC患者的肿瘤-血液，得到176447个细胞。分析揭示了53种细胞亚型，包括CD8+ T细胞、Treg、树突状细胞（DCs），以及不同EBV病毒感染状态的恶性细胞。轨迹分析显示，肿瘤中耗竭CD8+ T细胞和免疫抑制TNFRSF4+ Treg细胞可能分别来自外周CX3CR1+CD8+ T细胞和初始Treg细胞。此外，本研究还发现了免疫调节和耐受的LAMP3+ DCs。值得注意的是，本研究观察到LAMP3+DCs、Treg、耗竭CD8+ T和恶性细胞之间强烈的相互作用，表明可能存在交叉效应促进TME的免疫抑制。
技术路线：